Antes de la Comisión Estatal para la Protección contra Riesgos Sanitarios de Sinaloa, las funciones relacionadas con la protección contra riesgos sanitarios eran desempeñadas por la Dirección de Regulación y Fomento Sanitario en la estructura de los Servicios de Salud de Sinaloa. Con fecha 20 de agosto de 1996, se celebra entre la federación y la entidad federativa, el «Acuerdo de Coordinación para la descentralización integral de los Servicios de Salud», mismo que fue publicado en el Diario Oficial de la Federación el 13 de febrero de 1997. Posteriormente, en marzo del 2007 mediante la reestructuración de los Servicios de Salud de Sinaloa y la Secretaría de Salud del Estado, esta dirección se integra a la estructura de la Secretaría de Salud del Estado, como la Dirección de Normatividad y Regulación Sanitaria, en sustitución del organismo anterior.

Posterior a esto en el año 2013 se crea la COEPRISS mediante el Decreto No. 017, publicado con fecha de 06 de febrero de 2013, para actuar como un organismo descentralizado de la Secretaría de Salud para la protección de los sinaloenses frente a potenciales riesgos a la salud ocasionados por el uso y consumo de alimentos, bebidas, medicamentos, equipos médicos, productos de perfumería, belleza y aseo, nutrientes vegetales, plaguicidas, otros productos, servicios, publicidad y sustancias; así como la prevención y control de los efectos nocivos de los factores ambientales en la salud de las personas. 

De acuerdo al Artículo 6 del decreto de creación de COEPRISS, se estableció que para la atención y despacho de los asuntos de su competencia, contara con los servidores públicos y unidades administrativas siguientes:

Una Coordinación Regional para la Protección contra Riesgos Sanitarios Zona Norte del Estado de Sinaloa.

Un Comisionado Estatal;

Una Secretaría Técnica;

Un Departamento de Autorización Sanitaria y Dictamen;

Un Departamento de Evidencia y Manejo de Riesgos;

Un Departamento de Fomento Sanitario;

Un Departamento de Operación Sanitaria;

Un Departamento de Regulación de Servicios e Insumos para la Salud;

Una Coordinación Jurídica Consultiva;

Una Coordinación Administrativa;

Una Coordinación Regional para la Protección contra Riesgos Sanitarios Zona Sur del Estado de Sinaloa.

Una Coordinación Regional para la Protección contra Riesgos Sanitarios Zona Centro del Estado de Sinaloa.